Штрафи нараховуються у випадках, коли зобов'язання по залізничних перевезеннях порушуються однієї зі сторін договору. Для нарахування штрафу підставою є наступні документи: залізнична транспортна накладна, відомість прибирання та подачі вагонів, картка з обліку виконання заявки на вантажну залізничну перевезення, комерційний акт, акт загальної форми, інші документи.

• Якщо узгоджена перевізником заявка на вантажне перевезення, не було виконане, стягується штраф з вантажовідправника перевізником. Розмір штрафу визначається ст.94 Статуту залізничного транспорту РФ. Штраф може бути знижений на третину, якщо перевізник був попереджений вантажовідправником про невикористання вагонів мінімум за два дні. Якщо у неї не виконано заявка на залізничне перевезення по лініях з вузькою колією, то штраф становить половину від встановленого розміру штрафу.
• Спотворення в залізничній транспортній накладній різних відомостей про перевезений вантаж, в результаті чого знижується його вартість, виявляється вплив на експлуатацію транспорту і безпеку руху, а також здійснюється спроба відправлення вантажів, заборонених до перевезення, вантажовідправник карається штрафом в розмірі п'ятикратної вартості перевезення подібних вантажів ( ст.98 Статуту).
• Якщо контейнери, вагони, що належать перевізнику, затримуються під вивантаженням і навантаженням вантажів, більш, ніж на 24 години після закінчення визначених термінів обороту контейнерів і вагонів (терміни встановлюються договорами на експлуатацію залізничних колій, договорами на прибирання), або з того часу, як контейнери або вагони були подані під вивантаження, навантаження, пройшло більше 36 годин, то власники даних залізничних колій, вантажоодержувачі або вантажовідправники повинні виплатити штраф перевізнику в десятикратному розмірі від штрафів, встановлених ст.100 і 101 (ст.99 Указу). Плата за користування контейнерами і вагонами при цьому не вноситься.
• Якщо вантажовідправником були порушені правила залізничних перевезень вантажів, митні правила, і ці порушення призвели до затримки вантажу контролюючими органами, а також до неможливості передачі залізничного вантажу на інший транспорт (в тому числі, на залізниці інших держав), то вантажовідправник зобов'язаний виплатити перевізнику штраф в п'ятнадцятикратного МРОТ (за контейнер ) і в сорокапятікратном розмірі МРОТ (за вагон) (ст.47 Статуту).
• Якщо власник залізничних колій, вантажоодержувач, вантажовідправник використовує для перевезення вантажів контейнери і вагони без дозволу їх власника, або перевізник використовує контейнери або вагони, які належать вантажоодержувачам, відправникам або іншим особам, самовільно, винні мають виплатити штрафи в десятикратному розмірі від штрафів, встановлених за затримку контейнерів і вагонів ст.100 і 101 (ст.99 Статуту) .
• За перевантаження контейнера або вагона вантажовідправником він зобов'язаний виплатити штраф перевізнику в п'ятикратному розмірі від оплати фактичного ваги вантажу (ст.102 Статуту).
• Якщо вантажовідправник порушив вимоги (встановлені ст.44), які пов'язані з очищенням контейнерів і вагонів, зніманням кріпильних пристосувань, з приведенням у робочий стан інвентарних незнімних кріпильних пристосувань, він зобов'язаний виплатити штраф перевізнику в п'ятнадцятикратного МРОТ (за контейнер) і в сорокапятікратном розмірі МРОТ (за вагон) (ст.103 Статуту).